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インボイス2割特例終了・仕入税額控除70%変更 経営者対応チェックリスト｜2026年10月対応版

2026年9月30日で2割特例が終了し、10月1日から仕入税額控除経過措置が80%→70%に変更。売り手・買い手両側の選択肢と今すぐ動くべきチェックリストを解説。

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結論: 2026年9月30日（本日）をもって「2割特例」は終了し、明日2026年10月1日から免税事業者からの仕入れに係る仕入税額控除の経過措置も80%→70%へ切り替わる。対応は「自社が売り手か買い手か」という2軸で整理する必要があり、計算方式の確定を先送りにするほど税負担が不確定になるリスクがある。本記事では、経営者・経理担当者が「今日から何をすべきか」を、具体的なチェックリストとともに解説する。

この記事でわかること

  • 2割特例終了後の3つの選択肢（3割特例・簡易課税・本則課税）と自社に合う選び方
  • 2026年10月以降の仕入税額控除経過措置の新スケジュール（80%→70%→50%→30%→0%）
  • 経営者・経理担当者が今すぐ着手すべきアクションチェックリスト

この記事で使う用語

用語本記事での定義
2割特例インボイス発行事業者となった小規模事業者が、納付する消費税額を「売上税額の2割」とできる経過措置（2023年10月〜2026年9月30日）
3割特例令和8年度税制改正で新設された個人事業主限定の負担軽減措置。納付消費税額を「売上税額の3割」とできる（2027〜2028年分）
仕入税額控除の経過措置免税事業者など適格請求書を発行できない事業者からの仕入れについて、消費税相当額の一部を段階的に控除できる「買い手側」向けの制度
本則課税（原則課税）実際の売上税額から実際の仕入税額を差し引いて納付税額を計算する方法
簡易課税売上税額に業種ごとのみなし仕入率を乗じた額を仕入税額とみなして計算する方法

1. 2割特例の終了：何がどう変わるのか

結論: 本日2026年9月30日をもって2割特例は終了し、明日10月1日以降は「本則課税」「簡易課税」「3割特例（個人のみ）」の3択から計算方式を選ぶ必要がある。届出が不要な2割特例と異なり、簡易課税への移行には原則として事前届出が必要であるため、対応遅れは選択肢の喪失に直結する。

2割特例とは

2割特例は、インボイス発行事業者（適格請求書発行事業者）に登録した小規模事業者のうち、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の事業者が対象となる措置だった。売上に係る消費税額の2割のみを納付すればよいため、手続きも単純で実質的な税負担を抑える効果があった。確定申告書への付記のみで適用でき、事前届出は不要だった点も特徴である。

終了後の3つの選択肢

2割特例終了後、事業者は以下の3つから選ぶことになる。

計算方式対象事前届出ポイント
3割特例個人事業主のみ（課税売上高1,000万円以下）不要（申告書付記のみ）2027〜2028年分の2年限定。終了後は簡易課税または本則課税へ移行
簡易課税法人・個人（課税売上高5,000万円以下）原則：課税期間開始前日まで ※特例あり業種ごとのみなし仕入率で計算。仕入れの実額不問
本則課税（原則課税）制限なし不要実際の仕入税額を控除。設備投資が多い年は有利になる場合も

法人経営者への注意: 3割特例は個人事業主専用の措置であり、法人には適用されない。法人の顧問税理士や経理担当者に「法人も3割特例が使える」と誤って案内されるケースが実務上起きているため、自社の法人格に照らして確認されたい。

簡易課税への届出期限：特例的な緩和措置

通常、簡易課税の適用には適用課税期間の開始前日までの届出が必要だが、2割特例を適用していた課税期間の翌課税期間から簡易課税へ移行する場合に限り、特例的にその翌課税期間の確定申告期限まで届出書を提出できる緩和措置がある。

この緩和措置は期間限定の救済措置であるため、税理士に早めに確認することを推奨する。

2. 簡易課税の業種別みなし仕入率：自社はどこに当たるか

結論: 簡易課税を選ぶ場合、自社の業種区分に応じたみなし仕入率が納付税額を大きく左右するため、区分判定を正確に行うことが重要だ。区分の判定は「業種」ではなく「取引ごと」に行う点に注意が必要である。

国税庁の公式定義（No.6509）に基づく業種区分は以下のとおり（出典：国税庁「No.6509 簡易課税制度の事業区分」）。

事業区分みなし仕入率主な該当業種
第1種事業90%卸売業（他者から購入した商品を性質・形状を変えず他の事業者へ販売）
第2種事業80%小売業、農林漁業（飲食料品の譲渡に限定）
第3種事業70%建設業、製造業、農林漁業（飲食料品を除く）、電気・ガス・水道業
第4種事業60%飲食店業など（第1〜3・5・6種以外の事業）
第5種事業50%運輸通信業、金融・保険業、サービス業（飲食店業を除く）
第6種事業40%不動産業

サービス業・不動産業は本則課税との比較が必須

みなし仕入率が低い第5種（サービス業：50%）や第6種（不動産業：40%）は、実際の仕入・経費に係る消費税額が多い場合、本則課税の方が有利になるケースがある。一方で、仕入れが少ない業態では簡易課税の方が計算が単純かつ有利になる場合もある。

判断のポイント（目安）：

試算は過去1〜2年分の消費税申告データをもとに税理士と確認することを推奨する。

3. 仕入税額控除の経過措置：買い手側に迫る70%への切り替え

結論: 2026年10月1日以降、免税事業者などインボイスを発行できない事業者から仕入れた際の仕入税額控除の経過措置が80%から70%へ縮小される。当初の計画では2026年10月から50%へ急落する予定だったが、令和8年度税制改正により段階が細分化・延長され、最終的な廃止は2031年9月へと先送りされた。

新しい経過措置スケジュール（2026年10月以降）

期間控除割合影響規模感
2023年10月1日〜2026年9月30日（本日まで）80%現行
2026年10月1日〜2028年9月30日70%免税事業者からの仕入れ、消費税相当額の30%が控除不可
2028年10月1日〜2030年9月30日50%消費税相当額の50%が控除不可
2030年10月1日〜2031年9月30日30%消費税相当額の70%が控除不可
2031年10月1日〜0%（廃止）免税事業者からの仕入れは控除ゼロ

（出典：令和8年度税制改正・国税庁関連情報をもとにした各専門家解説を参照）

会計処理上の注意：期間またぎ

2026年10月1日を事業年度の途中に含む法人（3月・6月・12月決算以外の決算月）は、同一事業年度内に80%と70%の控除率が混在する。適用する控除率の基準は「発注日」や「支払日」ではなく、商品なら引渡し日、サービスなら完了日が基準になる点に注意が必要だ。

免税事業者との価格協議と独占禁止法上の留意点

仕入税額控除の縮小を理由に、免税事業者（フリーランス・個人事業主など）に対して一方的な値引きを要求する行為は、優越的地位の濫用として独占禁止法や下請法上の問題となる可能性がある。公正取引委員会もこの点についてガイドラインを公表している（「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」公正取引委員会・中小企業庁）。

協議を行う場合は、以下の点を守ることが推奨される。

4. 経営者・経理担当者 即実行チェックリスト

結論: 「売り手側」と「買い手側」の2軸に整理してチェックすることで、対応漏れを防ぎ、かつ過剰対応も避けられる。

▶ 売り手側チェックリスト（自社がインボイスを発行する立場）

▶ 買い手側チェックリスト（免税事業者から仕入れている立場）

まとめ

本日2026年9月30日をもって、インボイス制度に関する2つの重要な転換点が到来した。

いずれも「後で考えればよい」では済まない届出期限・会計処理の実務を伴う。まずは本記事のチェックリストで自社の対応状況を確認し、不明点は顧問税理士への相談を優先されたい。

FAQ

2割特例はいつ終了しますか？

2割特例は2026年9月30日（本日）をもって終了します。個人事業主は2026年分の確定申告（2027年3月申告）が最後の適用機会、法人は2026年9月30日を含む事業年度が最後の適用課税期間です。翌2026年10月1日以降の課税期間には適用できません。

2割特例終了後、何も手続きをしなかった場合はどうなりますか？

何も手続きをしなかった場合は自動的に本則課税（原則課税）が適用されます。本則課税は実際の仕入税額を控除する方法です。仕入れや経費が多い業種では有利になるケースもありますが、帳簿管理の手間は増えます。簡易課税への移行を検討している場合は、事前の届出が必要なため放置は禁物です。

個人事業主向けの「3割特例」とは何ですか？

3割特例は令和8年度税制改正で新設された個人事業主限定の経過措置です。基準期間の課税売上高が1,000万円以下のインボイス発行事業者（個人）が対象で、売上に係る消費税額の3割を納付すればよい仕組みです。適用できるのは2027年分・2028年分の2年間のみで、確定申告書への付記だけで適用でき事前届出は不要です。法人には適用されません。

仕入税額控除の経過措置「70%」とは何ですか？買い手側にどう影響しますか？

これは免税事業者など適格請求書を発行できない事業者から仕入れた場合の控除に関する買い手側の経過措置です。2026年10月1日以降は、免税事業者からの仕入れにかかる消費税相当額のうち70%のみ仕入税額控除として計上できます（2026年9月30日まで80%）。例えば、税込110万円（消費税10万円相当）の仕入れがあれば、控除できるのは7万円（10万円×70%）となり、差額3万円分だけ納付税額が増えます。2031年9月末に経過措置は廃止され、控除割合は0%になる予定です。

簡易課税の適用には条件がありますか？

簡易課税を選択できるのは、前々事業年度（個人は前々年）の課税売上高が5,000万円以下の事業者です。また、原則として適用したい課税期間が始まる前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を税務署に提出する必要があります。ただし、2割特例を適用していた課税期間の翌課税期間に限り、確定申告期限まで届出書を提出できる特例的な緩和措置があります（個人の場合は2027年3月31日が目安）。

免税事業者との取引で消費税相当額の値引きを求めてもよいですか？

一方的な値引き要求は問題となる可能性があります。公正取引委員会が公表しているガイドラインによれば、優越的な立場にある事業者が免税事業者に対して消費税相当額の全額または一部の値引きを一方的に要求する行為は、優越的地位の濫用として独占禁止法上の問題になり得るとされています。協議を行う場合は、対等な立場での交渉を心がけ、経緯を書面で記録・保存することが重要です。

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